Існує два типи флуоресцентних мікроскопів залежно від їх оптичного шляху:
1. Трансмісійний флуоресцентний мікроскоп: джерело збудження світла пропускається через матеріал зразка через конденсор для збудження флуоресценції. Зазвичай використовувані колектори темного поля або звичайні колектори світла можна використовувати для налаштування рефлектора для перетворення збуджуючого та бічного світла на зразок. Це відносно старомодний флуоресцентний мікроскоп. Його перевага полягає в тому, що флуоресценція є сильною при малому збільшенні, а недоліком є те, що флуоресценція слабшає зі збільшенням збільшення. Тому це краще для спостереження за більшими матеріалами зразків.
2. Флуоресцентний мікроскоп із падаючим променем Це новий тип флуоресцентного мікроскопа, розроблений у наш час. На відміну від попереднього, збуджуюче світло падає від лінзи об’єктива до поверхні зразка, використовуючи ту саму лінзу об’єктива як конденсор освітлення та лінзу об’єктива для збору флуоресценції. До оптичного шляху, який знаходиться під кутом 45 градусів до легкого урану, необхідно додати двокольоровий роздільник променя. Світло збудження відбивається в лінзу об'єктива і концентрується на зразку. Флуоресценція, створена зразком, а також світло збудження, відбите від поверхні лінзи об’єктива та покривного скла, одночасно потрапляють в лінзу об’єктива та повертаються до дихроїчного розділювача пучка, розділяючи збудження та флуоресценцію. Потім залишкове збудження поглинається блокуючим фільтром. Якщо використовуються різні комбінації фільтрів збудження/двоколірних сепараторів променів/блокуючих фільтрів, вони можуть задовольнити потреби різних продуктів флуоресцентної реакції. Перевага цього флуоресцентного мікроскопа полягає в тому, що освітлення поля зору рівномірне, зображення чітке, і чим більше збільшення, тим сильніше флуоресценція.
（2） Використання флуоресцентного мікроскопа
1. Увімкніть джерело світла, і ртутну лампу надвисокого тиску потрібно попередньо нагріти протягом кількох хвилин, щоб досягти максимальної потужності.
2. Просвічуючий флуоресцентний мікроскоп вимагає встановлення необхідного фільтра збудження між джерелом лампи та конденсором, а також встановлення відповідного блокуючого фільтра за лінзою об’єктива. Флуоресцентний мікроскоп з падаючим променем має вставити необхідний фільтр збудження/подвійний кольоровий роздільник променів/блок блокуючого фільтра в слот оптичного шляху.
3. Спостерігайте за допомогою малопотужного мікроскопа та відрегулюйте центр джерела світла відповідно до пристроїв налаштування різних моделей флуоресцентних мікроскопів, щоб він знаходився в центрі всієї плями освітлення.
4. Розмістіть зрізи зразка та сфокусуйте їх для спостереження. Під час використання слід зазначити, що кінцевий фільтр не слід дивитися безпосередньо очима, щоб уникнути пошкодження очей; При дослідженні зразків за допомогою масляного мікроскопа слід використовувати спеціальний нефлуоресцентний масляний мікроскоп; Після вимкнення ртутної лампи високого тиску її не можна відразу включити знову. Для повторного запуску потрібно 5 хвилин, інакше він буде нестабільним і вплине на термін служби ртутної лампи.
（3） Спостерігаючи під флуоресцентним мікроскопом на навчальній платформі з використанням синьо-фіолетового світлофільтра, можна побачити, що клітини, пофарбовані 0.01 відсотками акридинового оранжевого флуоресцентного барвника, ядро та цитоплазма стимулюються для виробництва двох різних кольори флуоресценції (темно-зелений і оранжево-червоний).
