Існує два типи флуоресцентних мікроскопів за оптичним шляхом
1. Просвічуючий флуоресцентний мікроскоп: джерело збуджуючого світла пропускають через матеріал зразка через конденсорну лінзу для збудження флуоресценції. Зазвичай використовується колектор темного поля, і звичайний колектор також можна використовувати для налаштування дзеркала таким чином, щоб збуджувальне світло перенаправлялося в обхід зразка. Це старіший флуоресцентний мікроскоп. Перевагою є те, що флуоресценція є сильною при малому збільшенні, але недоліком є те, що флуоресценція зменшується зі збільшенням збільшення. Тому краще спостерігати за більшими матеріалами зразків.
2. Епіфлуоресцентний мікроскоп - це новий тип флуоресцентного мікроскопа, розроблений у наш час. Різниця полягає в тому, що збуджуюче світло падає від лінзи об’єктива до поверхні зразка, тобто одна і та ж лінза об’єктива використовується як освітлювальний конденсор і лінза об’єктива для збору флуоресценції. Дихроїчний дільник променя потрібно додати на шляху світла, який знаходиться на 45 градусів від легкого урану. Світло збудження відбивається в лінзі об'єктива і збирається на зразку. Флуоресценція, що генерується зразком, і світло збудження, відбите поверхнею лінзи об’єктива та поверхнею покривного скла, надходять в лінзу об’єктива одночасно та повертаються до двоколірного розсіювача променя, щоб зробити світло збудження відокремленим від флуоресценції. , залишкове світло збудження поглинається блокуючими фільтрами. Наприклад, зміна на комбінацію різних фільтрів збудження/двоколірного світлорозділювача/блокувального фільтра може задовольнити потреби різних флуоресцентних продуктів реакції. Перевага цього типу флуоресцентного мікроскопа полягає в тому, що освітлення поля зору рівномірне, зображення чітке, і чим більше збільшення, тим сильніше флуоресценція.
