Існує два типи флуоресцентних мікроскопів за оптичним шляхом:
1. Просвічуючий флуоресцентний мікроскоп: джерело збуджуючого світла використовується для збудження флуоресценції шляхом проходження матеріалу зразка через конденсорну лінзу. Також можна використовувати звичайні концентратори темного поля, а звичайні концентратори можна використовувати для налаштування рефлектора для перенаправлення та бокового спрямування збуджуючого світла на зразок. Це відносно старомодний-флуоресцентний мікроскоп. Його перевагою є сильна флуоресценція при малому збільшенні, але його недоліком є те, що його флуоресценція зменшується зі збільшенням збільшення. Тому це краще для спостереження за більшими матеріалами зразків.
2. Флуоресцентний мікроскоп падаючого світла — це новий тип флуоресцентного мікроскопа, розроблений у наш час. На відміну від вищезазначеного, світло збудження падає від лінзи об’єктива вниз на поверхню зразка, використовуючи ту саму лінзу об’єктива, що й конденсор освітлення, і лінзу об’єктива для збору флуоресценції. Двоколірний розсіювач променя потрібно додати до оптичного шляху, який знаходиться на 45 градусів від легкого урану. Під кутом збудження світло відбивається в об'єктив і фокусується на зразку. Флуоресценція, що генерується зразком, а також світло збудження, відбите від поверхні лінзи об’єктива та покривного скла, потрапляють в лінзу об’єктива та повертаються до подвійного кольорового розсіювача променя, розділяючи світло збудження та флуоресценцію. Потім залишкове світло збудження поглинається блокуючим фільтром. Якщо використовуються різні комбінації фільтрів збудження/двокольорових сепараторів променів/блокувальних фільтрів, вони можуть задовольнити потреби різних флуоресцентних продуктів реакції. Перевагами цього флуоресцентного мікроскопа є рівномірне освітлення поля, чітке зображення та сильніша флуоресценція з більшим збільшенням.
